中院要拆除東西方丈、齋堂和灶房，以及聞慧堂。其中的齋堂由幾萬信眾捐資興建，最多可容納600人用膳。
東院要拆除禪堂。安放興教寺名僧常明法師靈骨的方丈樓要拆除。現在法師居住的照心樓也要拆除。
院內的石材要求全部去掉，換成固化沙石。建筑拆除的地方進行綠化。玄奘塔旁邊的兩塊石碑，是2000年復制大慈恩寺的石碑，也要搬走。
大殿前的兩塊石碑，是原來國民黨要員捐資興建興教寺的功德碑。“文革”時期，碑被破“四舊”者砸為幾截。當時的寺廟住持常明法師偷偷將斷碑掩埋起來，后來又拿出來重新安放。這兩塊碑也被要求挪走。
根據政府規劃，入寺道路將設置為人行道，安裝禁止車輛通行的設施，道路改造為固化沙石路。此外將建設入寺坡道欄桿及鐵鏈，整修寺外墻體。寺院入口處、寺內的紅磚及瀝青地面等要按方案整治。
而寺廟拆遷的過渡經費，由長安區負責。興教寺僧人日后將搬到該寺的下方一所新修的廟。這座規劃中的廟將作為興教寺的下院，目前所在地為兩個村莊。村莊也被要求全部搬遷，其中涉及東江坡村18戶人家，西韋村28戶人家。
“廟里對這次申遺是支持的，但希望盡量不要動廟里的建筑格局。該廟原來是因地制宜發展的，各項功能完善，要求能不拆盡量不拆。”興教寺官方對南都記者稱。
西安市長安區民族宗教局局長張寧告訴南都記者，“興教寺拆掉部分建筑是為了環境更優美。具體規劃還沒有完全定下來，正在等國家專家組認定。興教寺要發展，對僧人工作和生活的階段性影響有，但不是很嚴重。”
興教寺向南都記者提供了一份《興教寺申報世界文化遺產相關問題的匯報》。該文件指出，“此次申報，主要是針對玄奘塔。此塔屬于興教寺西邊塔院的主題建筑。而塔院是興教寺在民國便形成的東西三跨院的整體院落。今天興教寺的風貌，是歷代逐步形成的，這些建筑無不是圍繞著玄奘塔。所以維修玄奘塔，要保證塔院的整體性。更要明白塔院的宗教活動職能，保障玄奘塔和塔院配套建筑整體性使用的職能，才是玄奘塔和興教寺作為宗教活動場所的意義。如果將三藏院等歷史變遷過程中形成合理配套建筑剝離掉，只孤零零地剩下一個塔，實際上是對興教寺塔寺一體的整體性和歷史發展真實性的蹂躪。興教寺塔院的配套設施建設的資金，很大一部分來自香港、臺灣、日本等世界各地，如果隨意破壞，在十方信眾和國際上，肯定會造成十分不良的影響。”
“第二個法門小鎮”？
在興教寺受拆遷困擾之前，一個龐大的“興教寺佛教文化旅游景區建設項目”已經浮出水面。
2011年11月7日，西安市長安區政府在答復網友時提到，大明宮集團投資建設的興教寺佛教文化旅游景區建設項目，占地面積412畝，建成后將成為集佛教文化、佛教養生、佛教旅游為一體的高規格旅游文化景區。
大明宮集團即西安曲江大明宮投資(集團)有限公司。官方資料介紹，其為經西安市政府批準，由西安曲江新區管理委員會投資設立的國有獨資公司，成立于2007年10月22日，注冊資本28億元。
公開資料顯示，大明宮集團是西安曲江文化產業投資(集團)有限公司(以下簡稱“曲江文投”)的全資子公司。曲江文投又是曲江新區管委會的下屬公司。
興教寺佛教文化旅游景區建設項目是2011年中國東西部合作與投資貿易洽談會長安區項目集中簽約成果，《西安日報》公布的《2011年西洽會長安區項目集中簽約成果》也顯示，該項目由大明宮集團投資建設。記者昨日電話聯系了大明宮集團，工作人員表示暫時不清楚這個情況。