1944年伊犁、塔城和阿爾泰三個(gè)地區(qū)在蘇聯(lián)的支持下成立了“東突厥斯坦共和國(guó)”。蘇聯(lián)此舉是“醉翁之意不在酒”，其真正目的并不是支持新疆獨(dú)立，而是要以新疆問(wèn)題做交換籌碼，迫使中國(guó)政府承認(rèn)外蒙古和蘇聯(lián)在中國(guó)東北的特權(quán)。1945年8月中蘇友好條約簽署，達(dá)到了蘇聯(lián)的預(yù)期目的，因此蘇聯(lián)要求“東突厥斯坦共和國(guó)”與國(guó)民黨政府談判，成立新疆省聯(lián)合政府。麥斯武德、伊敏、艾山等“東突”分裂分子也被安排在聯(lián)合政府中任職。由于“東突厥斯坦共和國(guó)”的實(shí)權(quán)掌握在反對(duì)新疆獨(dú)立的阿合買(mǎi)提江等人手中，因此最后“東突厥斯坦共和國(guó)”無(wú)果而終，但事實(shí)上的獨(dú)立一直維持到1949年解放新疆為止。因?yàn)檫@個(gè)伊斯蘭政權(quán)是反對(duì)國(guó)民黨的，而且并沒(méi)有公然提出分裂的口號(hào)，所以新疆解放以后，人民政府從團(tuán)結(jié)的角度出發(fā)，把這一事件稱(chēng)為“三區(qū)革命”，作為中國(guó)新民主主義革命的一部分，并將民族軍改編為解放軍第5軍。但是這一事件的負(fù)面影響不容忽視。
新疆解放后，麥斯武德被關(guān)押，伊敏、艾山等再次聞風(fēng)而逃。“東突”分裂運(yùn)動(dòng)再次受到沉重打擊，但并沒(méi)有因此而絕跡，分裂主義思想并未徹底根除，其影響依舊存在。只要有合適的環(huán)境條件，又會(huì)迅速死灰復(fù)燃。
“東突”的發(fā)展
“東突”分裂運(yùn)動(dòng)在20世紀(jì)后期開(kāi)始惡性發(fā)展，近年來(lái)第一個(gè)發(fā)展趨勢(shì)是聯(lián)合，由于歷史原因，長(zhǎng)期以來(lái)“東突”分裂組織大多是在境外，活動(dòng)分散，而且規(guī)模和影響都較小。20世紀(jì)80年代以后，中國(guó)開(kāi)始實(shí)行改革開(kāi)放，蘇聯(lián)解體和中亞各國(guó)獨(dú)立，給“東突”分裂主義者卷土重來(lái)帶來(lái)了機(jī)遇。原先各自為政一盤(pán)散沙的“東突”分裂組織達(dá)成了統(tǒng)一集中發(fā)展的共識(shí)，提出了“統(tǒng)一組織、統(tǒng)一綱領(lǐng)、統(tǒng)一領(lǐng)袖、統(tǒng)一武裝、統(tǒng)一行動(dòng)”的目標(biāo)。先后出現(xiàn)了“伊斯蘭真主黨”、“伊斯蘭改革黨”等聯(lián)盟性質(zhì)的組織。
1992年12月，“東突”分裂主義者在沙特、土耳其的資助下，在伊斯坦布爾召開(kāi)了“東突厥斯坦民族代表大會(huì)”，來(lái)自中亞、美國(guó)、澳大利亞、巴基斯坦、德國(guó)、沙特、土耳其、瑞士等國(guó)的30多個(gè)分裂組織的頭目參加了大會(huì)。在此次大會(huì)上成立了“東突厥斯坦國(guó)際民族聯(lián)合委員會(huì)”，確定了國(guó)名（東突厥斯坦國(guó)）、國(guó)旗（月牙旗）、國(guó)歌（夏迪雅）和國(guó)徽，標(biāo)志著境外“東突”分裂主義運(yùn)動(dòng)走向聯(lián)合。
1993年4月5日，美國(guó)、德國(guó)、法國(guó)、巴基斯坦、沙特及中亞等17個(gè)國(guó)家的“東突”分裂組織代表再次在土耳其舉行了“東突厥斯坦”國(guó)際會(huì)議，宣布建立統(tǒng)一流亡政府，任命熱扎彼肯為“政府首腦”，發(fā)表了獨(dú)立宣言，并呼吁聯(lián)合國(guó)、國(guó)際人權(quán)組織和伊斯蘭組織向中國(guó)施加壓力，還聲稱(chēng)將與“民運(yùn)”組織、達(dá)賴(lài)集團(tuán)進(jìn)行“聯(lián)合行動(dòng)”。
1996年10月在和田，來(lái)自新疆十幾個(gè)州（縣）的分裂組織代表舉行會(huì)議，宣布成立“伊斯蘭真主黨”，通過(guò)了黨綱、組織建設(shè)等七項(xiàng)文件，這標(biāo)志著境內(nèi)分裂勢(shì)力開(kāi)始由分散走向聯(lián)合。
第二個(gè)發(fā)展趨勢(shì)是國(guó)際化。90年代以后，“東突”分裂組織逐漸從地下轉(zhuǎn)為公開(kāi)，并開(kāi)始朝著國(guó)際化趨勢(shì)發(fā)展。中亞地區(qū)“東突”分裂勢(shì)力的總頭目莫哈里索夫就曾公開(kāi)表示：“要實(shí)現(xiàn)獨(dú)立，沒(méi)有國(guó)際的支持不行，沒(méi)有西方的支持不行，僅有少數(shù)國(guó)家的支持也不行。要打‘國(guó)際牌’，使新疆問(wèn)題國(guó)際化”。近年來(lái)，“東突”分裂組織更是明確推行國(guó)際化的策略：擴(kuò)大在中亞、西亞等伊斯蘭國(guó)家的政治影響和生存空間，淡化分裂活動(dòng)的民族宗教色彩，而是將所謂民族宗教問(wèn)題與人權(quán)問(wèn)題掛鉤，把分裂活動(dòng)提升為“民族解放運(yùn)動(dòng)”，以爭(zhēng)取西方大國(guó)的支持。為此，分裂組織的頭目頻繁與西方大國(guó)接觸，并連年在西方國(guó)家舉行的聽(tīng)證會(huì)上作證，到處舉辦“東突厥斯坦問(wèn)題”國(guó)際研討會(huì)、展覽會(huì)，并不斷組織示威活動(dòng)，同時(shí)充分發(fā)揮因特網(wǎng)等現(xiàn)代通訊傳媒的作用，擴(kuò)大影響。