回到大陸后，吳其軺無法繼續從事心愛的飛行事業，憑借扎實的英語功底，退伍來到浙江之江大學擔任圖書管理員。1954年，吳其軺被迫勞教20年，1974年回到杭州，靠蹬三輪車為生。1980年，62歲的吳其軺獲得平反，恢復名譽，并被浙江大學地礦系聘用，從事生物化石標本技術工作。吳老在20年的農場勞教期間，自學了生物化石知識，此時又派上用場。多年來，吳老同事甚至他的兒女，都不清楚這位勤勤懇懇蹬三輪車運貨、兢兢業業研究生物化石的老人，曾是搏擊長空的抗日英豪。
60多本日記本每本封面都畫著飛機
2005年，抗戰勝利60周年。吳老獲得中央政府頒發的“紀念抗日戰爭勝利60周年”紀念章。6月18日，湖南省政府、中國對外友協、中國聯合國教科文組織全國聯合會聯袂給吳其軺發來請柬，邀他作為飛虎隊在大陸的幸存者參加紀念活動時，身邊的人才知道這位忠厚和藹的老人，曾是叱咤風云的飛虎隊員。當眾多榮譽撲面而來，最多時一天有126位記者等候采訪吳老，他仍強調說，自己是普通人，抵抗外寇是那個時代每個中國人的本分，與犧牲的眾多戰友相比，自己已經算是幸運的了。
雖然半生坎坷，吳老對自己的經歷顯然始終不能忘懷。1950年以來，吳老堅持寫日記，保存著60多本日記本。在每一本的封面上，都有吳老親手畫的飛機。小兒子吳緣在清點父親遺物時看到，父親在一本日記本上畫了各種型號的飛機，并在其中一架的邊上寫著三個大字，“俱往矣”。吳老有2個兒子、3個孫子，幾十年來，他給孩子最多的玩具就是飛機，“手折的大掛歷紙飛機，不能飛，但是往桌上一擺，就是地道的飛機模型”。
在動蕩年代，吳其軺獲得的戰功勛章全都失去了。2009年12月29日，吳其軺把美國政府補發的“美空軍航空勛章”和“美空軍十字勛章”捐獻給中國人民抗日戰爭紀念館。
2010年，在生命的最后一年，吳老在清明節強撐著身體，前往祭拜了岳王廟。在這尊精忠報國的古人塑像前，吳老流下清淚，似乎有很多話要說又說不出來。明天，吳老的追悼會將在杭州舉行，他終于可以毫無牽掛地與戰友們相會了。 據新浪網訊