業主、專家、媒體曾多次質疑，維修資金“交錢時沒商量、用錢時說不清”。在畢文強看來，這一方面是由于相關業主對政策宣傳、相關規定了解不夠，另一方面，在執行中也確實存在著許多現實困難。
曾經算出諸多“糊涂賬”
北京市是所有城市中對維修資金使用情況公布得最詳細及時的。最新數據顯示，目前北京市累計歸集維修資金314.93億元，共有796個小區使用維修資金2.84億元，涉及電梯、屋面防水等2783個項目。人們想知道，這兩億多元具體花到哪些和項目上，能否公示？但記者就這一問題約訪相關部門，對方拒絕接受采訪。
從已公布的情況來看，截至去年年底，西安市歸集了55億元維修資金，使用僅1386萬元；截至去年8月，武漢市歸集近50億元資金，使用約5000多萬元；截至去年8月，浙江省麗水市歸集總額超過1億元，使用僅20多萬元，截至今年1月，天津市歸集145.4億元，使用僅7753.5萬元……國內大多數城市已使用的維修資金只占歸集總額的不到1%。
數以億計的資金沉淀、閑置在政府的賬戶里，對業主意味著什么？
2006年，北京市開始試點：如果小區業主同意，可將這筆錢劃轉至小區分賬戶。新天第小區就是試點中第一個劃轉出來的小區。張大憲說，在劃轉之前，全市維修資金都存在政府指定的光大銀行，利率按活期計算，約為0.72。小區把這筆錢劃轉出來后，可以改變增值方式，“這700多萬元不可能短期用完，我們設定一筆錢用于應急，其余的有些存成一年定期存款，有些存成三年定期存款，利息就是原來的數倍。”到去年年底，新天第小區的維修資金由700多萬元，變成近1000萬元。
當時北京海淀區太月園小區業委會主任王嘉吾也算了筆賬，該小區維修資金總額超過3000萬元，按活期利率計算，一年下來利息收益20萬元左右。如果把總額的10%存為一年定期存款，20%存為三年定期存款，70%存為五年定期款，每年利息超過150萬元。為此，太月園小區也將資金劃轉出來。
全國多年來數以億計的維修資金存在政府賬戶里，為何不“理財”？2006年9月以后，在北京市人大代表、政協委員和大量業主的質疑聲中，北京市將維修資金年息從0.72%調整到3%。
圍繞著維修資金，還有許多“糊涂賬”。
2006年，廣州市12個小區業主委員會聯合維權稱，開發商或物業公司挪用維修資金。此后公布的廣州市房管局數據顯示，1999年至2006年6月，廣州市該項資金歸集額應為37.8億元，實收14.13億元。此后，福州、深圳等多地也陸續出現維修資金被侵吞的案例。
畢文強律師認為，目前專項維修資金主要面臨的問題有：第一，開發商侵占維修資金的情況突出。這筆錢本不該由房地產商管理，但現實中不少房地產商將其與房款捆綁收取，延時上繳，將部分資金挪作他用。第二，專項維修資金歸集到政府部門后，在使用的具體程序上需要進一步規范。國內很多地方對這筆資金的收益如何使用還是一筆糊涂賬。第三，目前申請使用這筆資金的程序和審批極為復雜，政府方面比較謹慎；而在業主共同決定時也會出現不一致的地方，從而導致實際上較難動用。
還有一些地方，出現了另一種“糊涂賬”：據新華社2010年報道，國家已明確規定小區電梯更新費由維修資金支出，但安徽淮南出臺了一條地方法規，要求當地所有房產開發企業在售房前必須繳納每部25萬元的“首次電梯更新費”，不交錢不發房屋預售許可證。
中國人民大學法學院教授劉俊海認為，目前維修資金存在種種問題，關鍵在于“不透明”：“維修資金涉及使用的過程中可能出現各種問題，業主少繳了、開發商少繳了、使用不規范了，但歸結起來還是要透明，只有完全透明，政策才能到位。”